Prontuário eletrônico médico: passo a passo do zero em 2026

Prontuário eletrônico médico é o sistema que armazena o histórico clínico do paciente em formato digital, com assinatura válida e guarda segura. Configurar um do zero em 2026 exige sete passos: escolher um sistema certificado, obter o certificado digital, definir os campos clínicos, integrar a prescrição eletrônica, ajustar a guarda de dados conforme a LGPD, treinar a secretária e ligar o prontuário à camada de captação de pacientes.

Este guia mostra cada passo na ordem em que ele acontece na prática, com a tela que aparece em cada etapa, as exigências do Conselho Federal de Medicina (CFM) que valem a partir de junho de 2026, e um comparativo honesto dos sistemas de prontuário mais usados no Brasil. O texto é agnóstico de produto: o objetivo é o médico sair sabendo montar o prontuário, não vender um sistema específico. A Fly Med não produz prontuário — entra só como a camada de captação e CRM que se conecta ao prontuário escolhido, e isso fica explicado no fim.

Por que prontuário eletrônico médico deixou de ser opcional em 2026

O prontuário eletrônico do paciente (PEP) virou exigência prática, não escolha de modernização. A guarda dos documentos médicos é obrigatória por no mínimo 20 anos segundo resolução do CFM (fonte), prazo que o papel não sustenta sem risco de perda, traça e processo. A Lei 13.787/2018 autorizou a digitalização e a eliminação do papel desde que o documento digital tenha integridade, autenticidade e confidencialidade garantidas por certificado ICP-Brasil (fonte).

O empurrão mais duro de 2026 é a prescrição. O Sistema Nacional de Controle de Receituários (SNCR) passa a ser obrigatório em 1º de junho de 2026, e receitas de medicamento controlado emitidas sem numeração do SNCR só serão aceitas por 30 dias após essa data, segundo a RDC ANVISA 1.000/2025 (fonte). Quem ainda prescreve controlado no bloquinho de papel tem uma janela curta antes de o sistema parar de aceitar.

Há também o lado de mercado. O Conselho Federal de Medicina conta mais de 217 mil médicos registrados no Brasil (fonte), e cerca de 75% dos hospitais já tinham adotado práticas de telemedicina até 2020 (fonte) — sinal de que o paciente já espera atendimento digital. Mateus Gomes, founder Fly, observa que o problema raramente é o médico não querer o prontuário: é ele montar o prontuário e descobrir que continua sem agenda cheia, porque resolveu o registro do paciente que já chegou e não a captação do paciente que ainda não chegou.

O que é um prontuário eletrônico (e o que ele não resolve sozinho)

Prontuário eletrônico do paciente é um software que registra identificação, anamnese, plano terapêutico, exames e prescrições de forma estruturada, com controle de acesso e trilha de auditoria. A Resolução CFM 1.638/2002 define o conteúdo mínimo obrigatório do prontuário (fonte), e a Resolução CFM 2.299/2021 regula os documentos médicos online exigindo assinatura digital com certificado ICP-Brasil de Nível de Garantia de Segurança 2 (NGS2) (fonte).

O ponto que muita clínica descobre tarde: o prontuário é um sistema de registro, não um sistema de aquisição. Ele organiza o paciente que já entrou. Não traz paciente novo, não responde WhatsApp em segundos, não roda Google Ads, não qualifica quem chega pela internet. São duas funções diferentes — registro clínico e captação — e a maioria dos sistemas de prontuário cobre só a primeira. Esse é exatamente o ponto onde uma camada de captação e CRM se acopla por cima do prontuário, sem substituí-lo.

Como avaliar um sistema de prontuário antes de configurar

São seis critérios que separam um prontuário que aguenta a operação de um que vira dor de cabeça em seis meses:

1. Certificação de segurança. O sistema é certificado SBIS-CFM e em qual nível (NGS1, NGS2 ou NGS3)? O nível define se o papel ainda é juridicamente necessário.
2. Assinatura digital nativa. Aceita certificado ICP-Brasil A3 e login gov.br com selo prata ou ouro para assinar documento sem sair da tela?
3. Prescrição integrada. Conecta com Memed ou Mevo e está pronto para a numeração SNCR obrigatória em junho de 2026?
4. Guarda e LGPD. Garante os 20 anos de retenção e trata dado de saúde como dado sensível, com política de exclusão e notificação à ANPD em 72 horas?
5. Propriedade do dado. O histórico clínico fica no CNPJ de quem, e dá para exportar se você trocar de sistema?
6. O que ele não faz. Captação de paciente novo, WhatsApp oficial e tráfego pago entram no escopo, ou você vai precisar de uma camada separada por cima?

Cada critério vira uma coluna no comparativo abaixo. O sexto critério é o que costuma ficar de fora da decisão e voltar como problema depois.

Passo a passo: configurar o prontuário eletrônico do zero

Os passos abaixo seguem a ordem real de implantação. Cada um descreve a tela que aparece na prática, sem screenshot de marca específica para o guia continuar agnóstico.

Passo 1 — Escolher um sistema certificado SBIS-CFM

A primeira tela de qualquer sistema sério é o cadastro com validação de CRM. Antes de assinar, confirme a certificação SBIS-CFM. O Manual de Certificação para Sistemas de Registro Eletrônico em Saúde, da SBIS em parceria com o CFM, define os níveis NGS1, NGS2 e NGS3 (fonte). No NGS1 o registro digital existe mas o papel ainda é necessário; no NGS2 dá para eliminar o papel de registros não assinados; no NGS3, o nível completo, o papel é totalmente substituído com assinatura ICP-Brasil. Para consultório que quer abolir o papel, NGS2 é o mínimo funcional.

Passo 2 — Obter o certificado digital ICP-Brasil

A tela do segundo passo é a configuração de assinatura. O médico precisa de um certificado digital A3 modelo ICP-Brasil — disponível em nuvem, cartão ou token — para assinar documentos com validade jurídica (fonte). Como alternativa para documentos online, a conta gov.br com nível de segurança prata ou ouro também serve como meio de assinatura eletrônica válida. Sem isso, o prontuário registra mas não assina, e documento médico sem assinatura válida não fecha o ciclo legal.

Passo 3 — Definir os campos clínicos obrigatórios

A terceira tela é o modelo de atendimento. Aqui você configura os campos que a Resolução CFM 1.638/2002 exige: identificação do paciente, anamnese, exame físico, hipótese diagnóstica, plano terapêutico e evolução. Sistemas maduros oferecem modelos por especialidade — pediatria com curva de crescimento da OMS, oftalmologia com registro de grau — para a tela não virar um campo de texto livre que ninguém preenche direito.

Passo 4 — Integrar a prescrição eletrônica

A quarta tela liga o prontuário à prescrição. As duas plataformas mais usadas no Brasil são gratuitas: a Memed é gratuita para médico com CRM ativo e tem mais de 80 mil medicamentos cadastrados (fonte), e a Mevo permite prescrever comum, controlado e manipulado com receita assinada eletronicamente. Atenção a um detalhe prático: não dá para usar Memed e Mevo ativas ao mesmo tempo — ativar uma desativa a outra (fonte). Confirme que a integração já está pronta para a numeração SNCR de junho de 2026.

Passo 5 — Configurar a guarda de dados e a LGPD

A quinta tela é a de segurança e privacidade. A Lei 13.709/2018 (LGPD) classifica dado de saúde como dado pessoal sensível, o que exige consentimento documentado, política de retenção definida, notificação à ANPD em até 72 horas em caso de incidente e a possibilidade de exportar ou excluir o dado do paciente (fonte). Configure a retenção respeitando os 20 anos mínimos do CFM e ative o controle de acesso por usuário — secretária e médico não enxergam as mesmas telas.

Passo 6 — Treinar a secretária e padronizar o uso

A sexta etapa não tem tela de software: é treinar a secretária para o fluxo. Prontuário que a recepção não usa do jeito certo gera dado pela metade. Defina quem cadastra o paciente na chegada, quem confirma os campos obrigatórios e quem dispara o lembrete de retorno. É a diferença entre um prontuário que vira fonte de decisão e um que vira arquivo morto digital.

Passo 7 — Conectar o prontuário à captação de pacientes

A sétima etapa é a que quase ninguém planeja: ligar o prontuário à entrada de paciente novo. O prontuário registra quem chegou; ele não faz chegar mais gente. Aqui entra a camada de captação e CRM — a que recebe o lead do Google e do Instagram, responde no WhatsApp oficial em segundos, qualifica e só então cria o cadastro que vai alimentar o prontuário. Sem esse passo, você tem um registro clínico impecável de uma agenda que continua com buracos.

Comparativo de sistemas de prontuário eletrônico em 2026

A tabela compara os sistemas de prontuário mais citados em comunidades médicas, mais a Fly Med — que não é um sistema de prontuário e aparece na última coluna apenas para mostrar onde a camada de captação se encaixa. A Fly não produz prontuário; ela integra com o prontuário do médico.

A leitura honesta: se a dor é registro clínico, escolha iClinic, Clínica nas Nuvens ou GestãoDS. Se a dor é só prescrever controlado dentro da regra, Memed ou Mevo resolvem de graça. Se a dor é a agenda vazia apesar do prontuário em dia, nenhum sistema de prontuário resolve sozinho — é aí que a camada de captação entra por cima.

Cenários por porte de consultório

Médico solo começando do zero

Comece pelo par mais barato: um prontuário de entrada (Clínica nas Nuvens a partir de R$ 99/mês) mais Memed gratuita para prescrição. Resolve registro e receita dentro da lei com custo mínimo. A camada de captação entra quando a agenda começar a ter buraco — o Básico da Fly Med, a R$ 169/mês, conecta WhatsApp oficial e tráfego sem trocar o prontuário já configurado.

Clínica média com 3 a 8 colaboradores

Aqui o prontuário precisa de modelos por especialidade e controle de acesso por usuário — iClinic (a partir de R$ 289/mês) ou GestãoDS cobrem bem. O ponto de atenção é o mesmo: esses sistemas não trazem paciente novo. A clínica que cresce costuma manter o prontuário e acoplar a captação por cima, em vez de migrar tudo para uma promessa de “sistema único” que não existe.

Consultório que vive de paciente particular novo

Quando a operação depende de captar paciente que paga do bolso, o gargalo nunca é o prontuário — é a entrada. O prontuário continua sendo o iClinic ou o GestãoDS da clínica; o que muda o faturamento é a camada que responde o lead do Google em segundos e qualifica via WhatsApp oficial antes de a concorrência do mesmo bairro responder.

Visão do founder

Mateus Gomes é founder da Fly Tecnologia e estruturou o comercial da Fly Vet do zero, com cicatriz e dado real do mercado de serviço de saúde brasileiro — primeiro na veterinária, depois na medicina com a Fly Med. Ele não é médico com CRM; é empresário, e olha o prontuário pela ótica de quem precisa encher a agenda, não só registrar quem já chegou. Sobre a confusão comum entre prontuário e captação, ele costuma resumir:

“O prontuário organiza o paciente que entrou. Ele não traz paciente nenhum pra dentro. O médico monta o prontuário, fica orgulhoso da tela bonita, e a agenda continua com os mesmos buracos.” — Mateus da Fly, em reunião 05/2026

E sobre o modelo da Fly Med:

“A Fly não vende prontuário e não quer vender. A gente entra por cima do prontuário que o médico já usa — pega o lead do Google, responde no WhatsApp, qualifica, e só então joga o cadastro lá dentro. Quem faz prontuário faz prontuário. Quem faz agenda cheia é outra coisa.” — Mateus da Fly, em reunião 05/2026

A honestidade sobre os limites faz parte: a Fly não emite NFS-e direto (faz via integração com a Asaas), não integra PDV físico Stone, não tem app mobile próprio e não cobre internação madura. O que ela faz é a camada de captação que se conecta ao prontuário, nunca o prontuário em si.

Perguntas frequentes

O que é um prontuário eletrônico médico?

Prontuário eletrônico médico, ou prontuário eletrônico do paciente (PEP), é o software que armazena de forma digital identificação, anamnese, exames, plano terapêutico e prescrições do paciente, com controle de acesso e trilha de auditoria. A Resolução CFM 1.638/2002 define o conteúdo mínimo obrigatório, e a guarda dos documentos é exigida por no mínimo 20 anos. Não é só uma versão digital da ficha de papel: é um sistema com campos estruturados, assinatura digital e segurança regulada.

Qual certificado digital preciso para configurar o prontuário do zero?

Para assinar documentos no prontuário com validade jurídica, o médico precisa de um certificado digital A3 modelo ICP-Brasil, disponível em nuvem, cartão ou token. Para documentos médicos online, a conta gov.br com nível de segurança prata ou ouro também funciona como meio de assinatura eletrônica válida. A Resolução CFM 2.299/2021 exige certificado ICP-Brasil de Nível de Garantia de Segurança 2 (NGS2) para documentos online. Sem assinatura válida, o prontuário registra mas não fecha o ciclo legal do documento.

O prontuário eletrônico é obrigatório em 2026?

Não há lei que obrigue todo médico a ter prontuário eletrônico, mas há exigências que o tornam praticamente inevitável. A guarda de 20 anos do CFM, a Lei 13.787/2018 que regula a digitalização e, principalmente, a obrigatoriedade do SNCR para receita de controlado a partir de 1º de junho de 2026 empurram a operação para o digital. Receita de controlado sem numeração do SNCR só será aceita por 30 dias após essa data, segundo a RDC ANVISA 1.000/2025.

Existe prontuário eletrônico gratuito que serve?

Existem opções gratuitas para a parte de prescrição: a Memed é gratuita para médico com CRM ativo e a Mevo permite prescrever comum, controlado e manipulado sem custo. Mas elas são plataformas de prescrição, não prontuário completo. Para registro clínico completo gratuito as opções são mais limitadas e costumam ter escopo reduzido. O caminho mais usado por médico solo é combinar um prontuário de entrada de baixo custo com a prescrição gratuita da Memed ou da Mevo.

Como a LGPD afeta a configuração do prontuário?

A Lei 13.709/2018 (LGPD) classifica dado de saúde como dado pessoal sensível, o que muda a configuração do prontuário em vários pontos. É preciso ter consentimento documentado do paciente, política de retenção definida respeitando os 20 anos do CFM, controle de acesso por usuário, capacidade de exportar ou excluir o dado, e notificação à ANPD em até 72 horas em caso de incidente de segurança. Por isso a tela de privacidade e a configuração de acessos não são opcionais na implantação.

A Fly Med tem prontuário eletrônico?

Não. A Fly Med não produz nem vende prontuário eletrônico — ela é a camada de captação e CRM que se conecta ao prontuário que o médico já usa. Na prática, a Fly traz o paciente novo pelo Google, Instagram e WhatsApp oficial, qualifica com a IA Agendadora e só então o cadastro alimenta o prontuário escolhido (com integração com a Mevo para a parte de prescrição). Quem registra o atendimento é o iClinic, o GestãoDS ou o sistema que a clínica já tem; quem enche a agenda é outra função. Para um médico solo, a configuração básica do prontuário leva de poucos dias a duas semanas, dependendo de já ter o certificado ICP-Brasil em mãos, e a camada de captação se acopla por cima sem refazer nada do que já foi configurado.

Conclusão

Configurar um prontuário eletrônico médico do zero em 2026 é um processo de sete passos, com base regulatória clara: sistema certificado SBIS-CFM, certificado digital ICP-Brasil ou gov.br prata/ouro, campos clínicos da Resolução CFM 1.638/2002, prescrição integrada pronta para o SNCR de junho, guarda de 20 anos sob a LGPD, secretária treinada e — o passo mais esquecido — a captação ligada por cima. Os sistemas de prontuário (iClinic, Clínica nas Nuvens, GestãoDS) resolvem o registro clínico; Memed e Mevo resolvem a prescrição de graça.

O que nenhum prontuário resolve sozinho é a agenda vazia. O prontuário registra quem chega. Encher a agenda é função de uma camada de captação e CRM que se conecta ao prontuário sem substituí-lo — papel da Fly Med, que integra com o prontuário do médico em vez de tentar ser um. Escolher o prontuário pelo registro e a camada de captação pela entrada de paciente é a decisão que separa a tela bonita da agenda cheia.

Ver também

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